أنشئ قسم الاقتصاد والمصارف الإسلامية في 8/1/2001م. لتلبية الحاجة إلى متخصصين في الاقتصاد الإسلامي والمصارف الإسلامية ممن يجمعون بين المعرفة في علوم الاقتصاد وعلوم الشريعة، خاصة بعد نمو هذا العلم وظهور النماذج التطبيقية لبعض مسائله وأحكامه، وتزايد الاهتمام به على المستوى المحلي والإسلامي والعالمي. وبدأ القسم في تدريس برنامج الدكتوراة اعتبارا من عام 2001.